Entre 1948 y 1952, San Josemaría Escrivá de Balaguer fomentó las actividades del Opus Dei y oró por su expansión en otros países. En 1949, el ecuatoriano Juan Larrea solicito unirse a la Obra y fue alentado a regresar a Ecuador para iniciar las labores apostólicas. Tras completar sus estudios en derecho, llegó a Quito en 1952, y se reunió con el Arzobispo Carlos María de la Torre, quien apoyó la creación del primer centro del Opus Dei en la ciudad.
Gradualmente, surgieron vocaciones y en 1954 llegaron a Quito más miembros del Opus Dei. En 1955, se estableció la Residencia Ilinizas para estudiantes. En 1963, comenzó la labor en Guayaquil y en 2001 se construyó una iglesia dedicada a San Josemaría. Las actividades apostólicas se expandieron, incluyendo centros de formación y residencias en varias ciudades. San Josemaría visitó Ecuador en 1974, apoyando la labor de la Obra y colaborando con la jerarquía eclesiástica del país